Hi Daniel,
also das Kreuzzeichen selbst geht meines Wissens auf das Urchristentum zurück. Es gibt schon Belege aus dem 2. Jahrhundert. Seinerzeit wurde das Kreuzzeichen nur mir einem Finger, mit dem Daumen oder dem Zeigefinger, gemacht. Dabei wurde das Kreuzzeichen zunächst nur auf die Stirn gemacht, später über das ganze Gesicht (von der Stirn über die Nase zum Mund und beiden Augen).
Später (8. Jh-9 Jh.) hat man sich mit zwei Fingern, Zeige- und Mittelfinger bekreuzigt. Das Kreuzzeichen wurde dann von der Stirn bis zur Brust gemacht. Die Verwendung von zwei Fingern steht möglicherweise für die göttliche und menschliche Natur Jesu Christi.
Parallel dazu entwickelte sich die Form des Kreuzzeichens mit drei Fingern, Daumen, Zeige- und Mittelfinger, als Symbol für die Dreifaltigkeit. Seit dem 13. Jahrhundert ist dies die vorherrschende Form des Kreuzzeichens in der Ostkirche. In der Westkirche der Vollzug mit ausgestreckten Fingern vorherrschend, was als Symbol für die fünf Wundmale Christi gedeutet wird.
Das Kreuzzeichen gilt z.B. auch als Schutz vor bösen Geistern und Dämonen. Es wird also nicht nur bei der Eröffnung eines Gebetes gemacht.